"Jedes siebente Jahr ist ein Jahr des Mondes, in dem besonders viele Menschen an Depressionen leiden. Wenn aber ein Mondjahr gleichzeitig noch ein Jahr mit 13 Neumonden ist, wie 1978, kommt es zu persönlichen Tragödien.", so heißt es im Vorspann. Frankfurt 1978: Die Transsexuelle Elvira Weishaupt findet in ihrer neuen Existenz kein Glück. Vom Liebhaber verlassen, von der Freundin verraten, von einem alten Freund abgewiesen, rekapituliert sie ihr Leben ...

In einem Jahr mit 13 Monden ist einer von Fassbinders persönlichsten Filmen, in denen er den Selbstmord seines einstigen Geliebten Armin Meier verarbeitete, der sich nach der Trennung von Fassbinder mit einer Schlafmittel-Überdosis das Leben nahm.